• Организация работы молекулярно-биологической исследовательской лаборатории. Планирование и проведение научных экспериментов. Анализ, интерпретация и публикация результатов лабораторных исследований. Обнаружены и биохимически охарактеризованы новые формы ДНК-полимераз. Секвенированы и охарактеризованы структуры геномов 21 бактериофага, включая геномы 8 новых бактериофагов, обнаруженных в окружающей среде. Определены аминокислотные остатки ДНК полимераз, критичные для синтеза ДНК in vivo и in vitro. • Освоение и внедрение в практику новых лабораторных методов. Разработан и внедрен ПЦР-скрининг в окружающей среде новых классов мобильных генетических элементов: сплит мини-интеинов, эндонуклеаз и интронов в генах ДНК-полимераз бактериофагов. Разработан метод для определения белковых и РНК-детерминант для взаимодействия ДНК-полимераз с трансляционными РНК-операторами и исследован трансляционный контроль ряда других репликационных белков бактериофагов. • Создана обширная библиотека биологически активных реагентов (белков, плазмид, геномных ДНК, РНК ) и функциональной базы данных на основе секвенированных геномов для обмена с другими научными центрами. • Участие в создании интернет сайта (http://phage.ggc.edu) для сравнительного анализа геномов бактериофагов. • Написание научных публикаций и грантов. • Подготовка докладов и участие в международных научных конференциях. • Обучение, контроль и координация работы среднего и младшего научного персонала. • Взаимодействие со специалистами из других научных центров. Консультативная и методическая помощь по интерпретации результатов исследований, написание методических рекомендаций. • Ведение отчетной документации. Профессиональные навыки и знания: Молекулярная и клеточная биология. Работа с геномной и рекомбинантной ДНК и РНК: выделение, очистка и амплификация, трансформация компетентных клеток и клонирование, рестрикционный анализ и точечный мутагенез. Разработка праймеров и ПЦР амплификация. Транскрипция и очистка РНК in vitro, сплайсинг интронов. Взаимодействие белков с нуклеиновыми кислотами: ДНК/РНК футпринтинг, гель-шифт тест и фото-сшивка. Белковая химия. Выделение цитоплазматических и мембранных белков, хроматографическая очистка белков и пептидов (LC, FPLC, HPLC). Экспрессия рекомбинантных белков в прокариотических клетках и in vitro. Реконструкция функционально активных белков. Протеолиз, очистка и секвенирование пептидов. Белковый сплайсинг. Физико-химическая характеризация белков: нативный и SDS-электрофорез в геле, изоэлектрофокусирование, дифференциальное центрифугирование, спектрофотометрия, фото- и химические сшивки, мечение и модификация. Биохимия. Характеризация ферментативных реакций и передачи трансмембранного сигнала. Ферментативная кинетика и количественный анализ. Иммунохимические методы. Получение и выделение поликлональных антител и синтез иммуносорбентов. «Western blot» анализ, иммуноферментный анализ (ИФА) и коиммунопреципитация. Геномика. Выделение и амплификация геномной ДНК. Секвенирование, биоинформационный анализ и аннотация геномов бактериофагов. Генетика. Скрининг новых микроорганизмов в окружающей среде. Филогенетический анализ. Рекомбинантный тест бактериофагов. Микробиология. Лабораторные и экспериментальные методы работы с бактериальными клетками и бактериофагами. Биоинформатика. Программы для структурного моделирования (RasMol и др.) и функционального анализа (Soft Berry и др.) белков и нуклеиновых кислот. Различные биостатистические базы данных (NCBI, GenBank и др.). Офисные программы: Microsoft Office (Word, Excel, PowerPoint) и Adobe (PhotoShop, Illustrator, Acrobat). Работа с лабораторными животными. Иммунизация кроликов белковым антигеном и получение поликлональных антител. Структуры геномов, размещенные в GenBank: NC004928, NC005066, NC007023, NC005135, NC005260, NC007022, NC008208, GU323318, HM134276, HM114315, HM004124, GU911519, HM032710, HM137666, GU396103, GU459069, Aes012, Aes502, Aes508, Aes516, RB40 Гранты: Ключевой исполнитель грантов: NSF#0138236 (2001) и NSF#03331309 (2003) (2001-2007). Пост-докторальный грант (1997-2000). Грант Российской Академии Наук в области Белковой Инженерии (1995-1997). Грант Российской Академии Наук в области Фундаментальных Исследований (1995-1997). Персональный научный грант фонда Дж. Сороса (1992). Участие в научных сообществах: Член Американского Общества Биохимиков и Молекулярных биологов. Член Американского Общества Микробиологов. Опыт преподавательской деятельности: Обучение студентов, аспирантов и научного персонала в Университете Тулэйн (США) и в Институте Биоорганической Химии (Россия). Лектор. Международная школа молодых ученых по иммунологии. Москва - Пущино на Оке (1996). Избранные публикации: (полный список будет предоставлен по требованию). 1. Petrov, V.M., Ratnayaka, S., Nolan, J.M., Miller, E.S., and Karam, J.D. (2010). Genomes of the T4-related bacteriophages as windows on microbial genome evolution (Review). Virology Journal, 7: 292. 2. Petrov, V.M., Ratnayaka, S., and Karam, J.D. (2010). Genetic Insertions and diversifications of the PolB-type DNA polymerase (gp43) of T4-related phages. The Journal of Molecular Biology, v.393(3), pp.457-74. 3. Petrov, V.M., Nolan, J.M., Bertrand, C., Lewy, D., Decplats, C., Krisch, H.M., and Karam, J.D. (2006). Plasticity of gene function for DNA replication in the T4-like phages. The Journal of Molecular Biology, v.361(1), pp.46-68. 4. Nolan, J.M., Petrov, V.M., Bertrand, C., Krisch, H.M, and Karam, J.D. (2006). Genetic diversity among five T4-like bacteriophages. Virology Journal, 3:30 5. Petrov, V.M. and Karam, J.D. (2004) Diversity of structure and function of DNA polymerase (gp43) of the T4-related bacteriophages. Biochemistry (Moscow), v.69, pp.1213-1218. 6. Borjac, J., Petrov, V.M., and Karam, J.D. (2004 ). RNA and protein determinants of autogenous translational control by the Ssb proteins (gp32s) of bacteriophages T4 and RB69. Virology Journal , 1:4 7. Petrov, V.M., Ng, S-S., and Karam, J.D. (2002). Protein determinants of RNA binding by DNA polymerase of the T4-related bacteriophage RB69. The Journal of Biological Chemistry, v.277, pp.33041-33048. 8. Petrov, V.M. and Karam, J.D. (2002). RNA determinants of translational operator recognition by the DNA polymerase of bacteriophages T4 and RB69. Nucleic Acids Research, v.30 , pp. 3341-3348. 9. Bebenek, A., Carver, G.T., Dressman, H.K., Kadyrov, F.A., Haseman, J.K., Petrov, V.M., Konigsberg, W.H., Karam, J.D., and Drake, J.W. (2002). Dissecting the fidelity of bacteriophage RB69 DNA polymerase: site-specific modulation of fidelity by polymerase accessory proteins. Genetics,v.162, pp. 1003-1018. 10. Bebenek, A., Dressmann, H.K., Carver, G.T., Ng, S-S., Petrov, V.M., Yang, C., Konigsberg, W.H., Karam, J.D., and Drake, J.W. (2001). Interacting fidelity defects in the replicative DNA polymerase of bacteriophage RB69. The Journal of Biological Chemistry, v.276, pp.10387-10397. 11. Petrov, V.M., Artamonov, I.D., Lipkin, V.M. (1994) Small GTP-binding proteins of squid photoreceptor. Interaction with photoactivated rhodopsin. FEBS Letters, v.337, pp. 274-276. 12. Lipkin, V.M., Surina, E.A., Petukhova, G.V., Petrov, V.M., Mirzoeva, S.F. and Racitina, T.V. (1992) Relationship of neural cell adhesion molecules (NCAMs) with adenylate cyclase. FEBS Letters. v.304, No.1, pp. 9-11. Научные конференции: (полный список будет предоставлен по требованию). 1. J. D. Karam, V. Petrov, J. Nolan, C. Bertrand, and H. Krisch. Diversity of the DNA metabolic gene functions among the T4-like phages. ASM Conference on the New Phage Biology, Key Biscayne, FL, August 1-5, 2004. 2. J.M. Nolan, V.Petrov, C.Bertrand, H.M.Krisch, J.D.Karam Diversity of content among T4-like bacteriophage genomes. ASM Conference on the New Phage Biology, Key Biscayne, FL, August 1-5, 2004. 3. C.Bertrand, A.Letarov, V.Petrov, F.Tetart, J.Nolan, J.D.Karam, H.M.Krisch. Thee genomes of RB49 and Aeh1, two bacteriophages distantly related to T4. . ASM Conference on the New Phage Biology, Key Biscayne, FL, August 1-5, 2004. 4. Petrov, V.M., Nolan, J.M., and Karam, J.D. Genomes of the T4-like phages. 15th Evergreen International Phage Biology Meeting, Olympia, WA, July 23-27, 2003. 5. Karam, J.D., Petrov, V.M, and Nolan, J.M. Functional genomics of the T4-like Myoviridae. 15th Evergreen International Phage Biology Meeting, Olympia, WA, July 23-27, 2003. 6. Karam, J.D., Petrov, V.M., and Nolan,J.M. Sequencing of genomes of T4-like Myoviridae. 3rd ASM and TIGR Conference on Microbial Genomes, New Orleans, LA, January 29 – February 1, 2003. 7. Petrov,V.M., Chin, D. and Karam, J.D. A possible role for RNA in determining replisome specificity of a DNA polymerase: Studies with gp43 of T4-related phages. 14th Evergreen International Phage Biology Meeting, Olympia, WA, August 8-13, 2001. 8. Petrov,V.M., Chin, D., Ng,S., and Karam, J.D. The DNA polymerase (gp43) of bacteriophage RB49. 14th Evergreen International Phage Biology Meeting, Olympia, WA, August 8-13, 2001. 9. Karam, J.D., Yeh, L.-S., Wang, C.-C.,and Petrov, V.M. Control of assembly of the T4 DNA replicase. International Symposium on Protein Structure, Stability and Folding, Moscow, Russia, June 22-26, 1998.

Обнаружены новые Ras-подобные белки в зрительной системе позвоночных и беспозвоночных. Произведено клонирование и экспрессия Ras-подобных генов из сетчатки быка. Разработан и внедрен новый метод выделения и хроматографической очистки мембранной кальмодулин зависимой аденилатциклазы из сетчатки быка. Разработан новый метод определения аденилатциклазной активности. Осуществлено клонирование и экспрессия гена аденилатциклазы позвоночных и дальнейшее получение поликлональных антител к этому ферменту. Установлена возможная взаимосвязь аденилатциклазы с нейрональной системой клеточной адгезии в клетках млекопитающих. Написание научных публикаций и грантов. Подготовка докладов и участие в международных научных конференциях. Обучение, контроль и координация работы среднего и младшего научного персонала.