Разработала годичный курс для студентов магистратуры по программе "Клеточная и генная инженерия", предмет "Биоинформатика в биоинженерии" (введение). В рамках программы студенты знакомятся с базовыми понятиями и алгоритмами биоинформатики, структурами и базами данных, учатся производить простейший анализ NGS данных с использованием готовых инструментов и платформ, а также интерпретировать полученные результаты.

Обучение студентов бакалавриата и магистратуры медико-биологического факультета программированию и биоинформатике по программам: "Биоинформатика", "Анализ данных высокопроизводительного секвенирования", "Алгоритмы биоинформатики". Провела три потока практик по направлению обучения (клиническая биоинформатика) для магистров 1 и 2 курсов. Преподавала анализ мастер-регуляторов транскрипции генов в рамках летней школы, а также провела курс по анализу NGS данных в рамках программы по переподготовке студентов ПИШ РНИМУ. Переработала курс "Алгоритмы биоинформатики" и разработала программу курса "Анализ данных высокопроизводительного секвенирования" с нуля для решения наиболее актуальных задач в области анализа NGS (геномика прокариот и эукариот, bulk-транскриптомика, анализ профилей метилирования и открытого хроматина).

- Разработала пайплайн для анализа данных RNA-seq, включающий в себя функциональный анализ, анализ сетей коэкспрессии и upstream, в частности поиск транскрипционных факторов и мастер-регуляторов, влияющих на экспрессию генов в атеросклерозе и других состояниях хронического воспаления (STAR-DeSEQ2-WGCNA + DAVID, GeneWays, TRANSPATH/TRANSFAC, STRINGdb, g:Profiler, Jaspar, KEGG-Reactome-WikiPathways) - Отобрала и интегрировала открытые данные о состоянии хроматина с результатами РНК-секвенирования лаборатории (макрофагальная модель атеросклероза с обработкой модифицированными ЛПНП) - Исследовала популяции моноцитов, ответственных за нетолерантный ответ при хроническом воспалении, с помощью методов деконволюции bulkRNAseq - Идентифицировала митохондриальные мутации в древних и современных образцах (Средневековая Русь, пациенты с различными патологиями хронического воспаления), изучала гетероплазмичность вариантов и влияние мутаций на структуру митохондриальных белков (bwa-mutserve + OMIM, NCBI dbSNP, MitoMAP) - Выполняла статистические расчеты для лабораторных исследований (хроматограммы, клиническая статистика) - Участвовала в 10+ научных конференциях, в том числе международных (SBB2023, MCCMB 2023/2025, OpenBio 2023/2024, HGM 2024, EAS 2024/2025, GWICC 2024, FEBS Congress 2025, APSAVD 2025, ИЭМ 2025) - Курировала студентов при выполнении дипломных работ и в рамках деятельности в лаборатории - Участвовала в написании статей по исследованиям, валидации in silico экспериментов Публикации доступны по ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-3596-5470

Курс "Анализ данных NGS" (зима 2023 - осень 2025): - Провела практикум с теоретическим блоком по анализу данных метилирования, в ходе которого участники вместе со мной проанализировали несколько RRBS образцов в контексте атеросклероза и интегрировали результаты с транскриптомными - Курировала участников курса по проектам "Дифференциальное метилирование в контексте РМЖ" и "T2D vs Obesity" - Курировала участников, интересовавшихся транскриптомным анализом - Адаптировала bash скрипты под нужды участников - Консультировала по функциональному анализу наборов генов, поиску сигнальных и метаболических путей, интеграции данных омиксных экспериментов - Отслеживала активность и успеваемость участников курса, менеджерила работу других технических ассистентов Курс "R и Статистика" (осень 2022 - осень 2025): - Проводила разборы кейсов по анализу данных ChIPseq и интеграции его с данными экспериментов по метилированию и RNAseq, препроцессингу данных RNAseq экспериментов, анализу результатов хроматографических экспериментов и клинических данных - Отвечала за биологическое наполнение курса (нюансы препроцессинга данных в биологии, примеры анализа клинических данных, основные статистические методы, используемые в биологии и медицине) - Провела серию вебинаров по статистическому анализу данных, предоставленных членами сообщества Blastim Курс "Машинное обучение в биоинформатике" (лето 2023 - лето 2025): - Проверяла домашние задания в рамках курса - Ассистировала участникам, имеющим сложности с базовым программированием на Питоне и статистикой - Курировала участников, выбравших финальный проект, связанный с деконволюцией данных РНК-секвенирования и классификацией типов клеток мозга по данным scRNAseq - Курировала группы хакатона по тематике "Детекция рака по cell-free RNA опухоли по bulk-RNAseq" Курс "Python для анализа данных в науке" (осень 2023 - осень 2025): - Проверяла домашние задания в рамках курса - Ассистировала участникам, имеющим сложности с базовым программированием на Питоне - Курировала финальные проекты части участников

Преподаю естественные (химия, биология) и точные науки (математика, физика) школьникам (7-11 классы) и профильные предметы студентам младших курсов медицинских вузов и биологических/биоинформатических программ. Готовлю к экзаменам и олимпиадам. Достижения: - 10+ учеников поступили в престижные вузы Москвы (МГУ, МФТИ, ВШЭ, Сеченовский университет, РНИМУ им. Н. И. Пирогова и тд) - 3 ученика поступили в зарубежные вузы (Франция, Канада, Гонконг) - 1 ученица сдала SAT по биологии (США) - 4 студентов 1 и 2 курсов успешно сдали экзамены по неорганической, органической и физической химии (РНИМУ им. Н. И. Пирогова, РУДН) - 10+ учеников поступили в специализированные школы (1535, лицей ‘Вторая школа’, 196 и тд)

- Переработала и провела по 4 потока курсов «Введение в молекулярную биологию и медицину» и «Анализ данных в медицине». В рамках курсов студенты знакомились с основными понятиями и методами молекулярной биологии, биоинформатики, спецификой работы в области. По итогам курсов обучающиеся овладели базовым пайплайном для анализа однонуклеотидных замен, моделированием белков с помощью AlphaFold, получили навыки работы с основными базами данных, такими как NCBI, OMIM, PDB и др. - Разработала и провела 2 потока курса «Прикладная статистика в медицине» для языка R. В его рамках рассматривались описательные статистики, основные методы статистики вывода, используемые при клинических исследованиях, регрессии, а также анализ выживаемости. В общей сложности курсы прошло 300+ студентов.

Обработка данных секвенирования NGS (Illumina/IonTorrent) Homo sapiens (древняя и современная ДНК), расчёт уровней метилирования по данным секвенирования с UDG и бисульфитной конверсией, поиск дифференциально метилированных позиций и регионов (ДМП/ДМР), ассоциация метилирования с экспрессией генов Работала с данными methylation arrays, WGBS, RRBS, ChIP-seq - Python (Pandas, numpy, scipy); - SQL; - R (tidyverse, ggplot, HM450/EPIC kit, methylKit, rGREAT); - UNIX (bash script, awk, sed); - Расчёты на SLURM-кластере; - Поиск и тестирование ПО для расчёта уровней метилирования (epiPALEOMIX, DamMet); - Подготовка данных NGS к расчету уровней метилирования (QC, trimgalore/trimbam, bwa/bowtie2, alignment control - samtools, variant calling/filtering GATK+bcftools); - Аннотация генов и функциональный анализ с помощью UCSC Genome browser, GREAT, GO, DAVID - Поиск и отбор литературы по тематике, анализ англоязычных источников, адаптация описываемых методов под нужды лаборатории. В данный период была написана выпускная квалификационная работа «Поиск дифференциально метилированных регионов, вовлечённых в процессы ожирения, в геномах древних и современных людей», получившая отличную оценку. Работа велась в рамках гранта РФФИ «Поиск эпигенетических детерминант ожирения путем сравнения профилей метилирования геномов древнего и современного человека».

Разработан пайплайн для обработки сырых данных РНК-сиквенса нейронов крыс (qc, trimmomatic, tophat/STAR/hisat2, normalization, annotation, DGE - edgeR/cuffdiff), проводила статистический анализ данных дифференциальной экспрессии (volcano plot, heat map, PCA, Wenn diagrams, etc), участвовала в подготовке визуальных данных для постеров и статей, публикуемых лабораторией (Corel Draw, R plots, Figma, MS Excel).

Проверка домашних и контрольных работ, устный прием задач на уроках, объяснение материала, прием зачетов и экзаменов, проведение уроков в качестве заменяющего учителя. Работала с 8-11 классами.

Приём и регистрация проб пациентов, ведение ЛИС, выделение РНК SARS-CoV-2 из образцов слюны/мокроты/тканей с помощью промышленных наборов в соответствии с СОП, архивация проб, дезинфекция рабочего места и аппаратуры.

ПЦР, электрофорез, трансформация E.coli (электропорация), приготовление компетентных клеток, ведение клеточной культуры (HEK 293 T), приготовление растворов.

Выделение ДНК из крови и кроветворных тканей (лимфоузлы, красный костный мозг), оценка качества выделения и определение концентрации ДНК, ПЦР, электрофорез, приготовление растворов.