Экспедиция №2 образована в 1960 году в целях создания подземных сооружений на Центральном полигоне Российской Федерации. Первоначальное название предприятия – Северная экспедиция.
В 1994 году предприятие «Экспедиция №2» преобразовано в ФГП «Экспедиция №2», а в 2002 году в ФГУП «Экспедиция №2».
До 2003 года основным заказчиком работ являлось Минобороны России. С 2003 года и по настоящее время – Государственная корпорация по атомной энергии «Росатом» .
С 2003 года ФГУП «Экспедиция №2» в качестве генподрядной организации ведет весь комплекс горных, строительно – монтажных, электромонтажных, геологических, проектно – изыскательских работ, включая доставку к месту работ необходимых материалов, оборудования, кабельной продукции морским и воздушным транспортом, а также благоустройство территорий и поддержание жизнедеятельности объектов Госкорпорации «Росатом» на ЦП РФ.
В 2013-2015 гг. ФГУП «Экспедиция №2» также выполняло функции генерального подрядчика по ведению геолого-разведочных работ на Павловском месторождении.
В соответствии с Указом Президента РФ в 2015 году предприятие реорганизовано путем преобразования в АО «Экспедиция №2».