В систему транспортных прокуратур входят транспортные прокуратуры (на правах районных) и транспортные прокуратуры, приравненные к прокуратурам субъектов Российской Федерации.
Транспортные прокуратуры осуществляют свои полномочия в сфере исполнения законов на воздушном, речном, морском и железнодорожном транспорте, в том числе осуществляют надзор за соблюдением прав, свобод и законных интересов граждан предприятиями различных форм собственности, которые, прежде всего, связаны с перевозками грузов и пассажиров.
Важным направлением деятельности транспортных прокуратур также является надзор за исполнением таможенного законодательства гражданами, организациями, таможенными органами и органами Росграницы.
Транспортные прокуратуры также осуществляют надзор за административной деятельностью органов внутренних дел на транспорте, таможенных органов и подразделений ГИМС МЧС России; оперативно-розыскной деятельностью и дознанием сотрудников транспортной полиции и таможенных органов; предварительным следствием, проводимым следователями органов внутренних дел на транспорте и органов Следственного комитета Российской Федерации.
